Zgodnie z informacją z Centrum Unijnych Projektów Transportowych Instytucja Zarządzająca POIiŚ wdrożyła i udostępniła mechanizm umożliwiający sygnalizowanie o potencjalnych nieprawidłowościach lub nadużyciach w wykorzystaniu środków unijnych w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2014 – 2020. Narzędzie to umożliwia zgłaszanie nieprawidłowości przez adres e-mail: nadużycia.POIS@miir.gov.pl lub specjalny formularz znajdujący się na stronie internetowej www.pois.gov.pl\nieprawidlowosci. Zgłoszenia można również przesyłać na adres e-mail kontrola@cupt.gov.pl.